Bodemleven
De afbraak van organische stof (mineralisatie en humificatie) is voor het overgrote deel afhankelijk van het bodemleven (schimmels, springstaarten, mijten, slakken, kevers, wormen, pissebedden, duizendpoten, etc.). Op rijkere, vochtige bodems vermengen regenwormen de ruwe humus met de bovengrond. Ze versnellen de kringloop en maken de bodem rul (kruimelstructuur).
De afbraaksnelheid van humus is in sterke mate afhankelijk van de pH, de bodemvochtigheid en de aanwezigheid van zuurstof. Op kalkhoudende gronden verteert humus aanzienlijk sneller dan op zure bodems. Dat is ook de reden dat in bossen op kleigronden afgevallen blad zeer snel verdwijnt en dat op de voedselarme, zure zandgronden een ophoping van humus plaatsvindt. De humus verteert hier zeer langzaam en vermengt zich nauwelijks met de grond.
De boeren maken gebruik van dit “pH-principe” bij het bekalken van hun land. Als men weinig mest en wel kalk gebruikt, raakt de bodem op den duur uitgeput. (zie ook bij Kalk). Bij natuurontwikkeling moet men er dus voor zorgen dat humushoudende bodems zo min mogelijk op onnatuurlijke wijze met zuurstof in contact komen, omdat door vrijkomende minerale voedingsstoffen, verruiging in de hand wordt gewerkt. Men moet dus niet ploegen, frezen en egaliseren. Behalve in zeer bijzondere gevallen, gebruikt men ook geen kalk. Alleen bodems die sterk zijn verdicht, moeten als snelle resultaten gewenst zijn, worden geploegd of in ieder geval worden losgemaakt.
Het bodemleven heeft een gecompliceerde invloed op de samenstelling van de vegetatie. De bodemfauna kan concurrentiekrachtige soorten verzwakken, waardoor concurrentie gevoelige soorten meer kansen krijgen en daardoor een positieve invloed heeft op de soortenrijkdom van graslanden. (De Deyn et al., 2004; Kardol et al., 2009).
Bodemorganismen hebben voor hun groei fosfaten en stikstof nodig. Een hoge dichtheid van de bodemfauna vermindert het fosfaat- en stikstofgehalte. Deze nutriënten worden in dierlijke eiwitten vastgelegd en zijn dan niet meer beschikbaar voor planten. Voor stikstof wordt daarvoor de term (N-immobilisatie gebruikt. Op kalkhoudende bodems speelt dat veel sterker dan op zure bodems. Bij een verzurende bodem, neemt op zandgronden het stikstofgehalte weer toe (N-mineralisatie). Onder meer schimmels, bacteriën en regenwormen hebben een positief effect op de N-immobilisatie (vastleggen van stikstof). Bij zuurder worden van de bodem ontstaat een ophoping van organische stof( ruwe humus), de regenwormen nemen dan af en de schimmels toe. Voor verder details zie: Kemmers, R., 2012. Zijn bodemorganismen van belang voor herstel van zure bossen?. De Levende Natuur 113(1): 24-28.
 
Schimmels
Behalve dierlijke organismen spelen ook schimmels een uiterst belangrijke rol. Ze dragen niet alleen bij aan de afbraak van organisch materiaal, maar ze zijn ook betrokken bij de opname van voedingsstoffen van de hogere planten. Veel schimmels zijn met de wortels van planten verweven, vooral met die van bomen. Tussen schimmel en hogere plant vindt dan een uitwisseling van voedingsstoffen plaats. De schimmels leveren mineralen uit de bodem aan de hogere planten. Dit zijn assimilatie-producten, die de schimmels door het ontbreken van bladgroen zelf niet kunnen maken. Deze vorm van symbiose wordt mycorrhiza genoemd. Hierin worden twee vormen in onderscheiden: endotrofe mycorrhiza, waarbij de schimmeldraden in de schorscellen van de plantenwortel doordringen (bij voorbeeld bij orchideeën) en ectotrofe mycorrhiza, zoals dat ook bij veel bomen het geval is. Hierbij groeien de schimmeldraden alleen om de buitenkant van de plantenwortel heen. De schimmeldraden dringen in de intercellulaire ruimten en niet in de cellen van het schorsweefsel van de plantenwortel. Deze schimmels worden ectomycorrhizasymbionten of ook wel boombegeleiders genoemd.
Endomycorrhiza komen voor op ca. 85% van de bomen en maken geen vruchtlichamen. Endomycorrhiza zijn in geringe mate afhankelijk van de bodem en krijgen hun voedsel van de plant. Ectomycorrhiza's komen op minder boomsoorten voor en maken vruchtlichamen. Hoe voedselarmer de bodem is, des te meer te meer schimmels (symbionten) er voorkomen. Vandaar dat de vroegere eikenhakhout-bossen en bossen waar strooiselroof plaatsvond (beide op de toch al arme zandgronden) een zeer rijke paddenstoelenflora hadden. (Weeda, 2005: pag.163; Stortelder, 1999)